Sở Công Thương tỉnh Khánh Hòa được thành lập theo Nghị quyết số 14/NQ-HĐND ngày 01/07/2025 của Hội đồng nhân dân tỉnh Khánh Hòa trên cơ sở hợp nhất Sở Công Thương tỉnh Khánh Hòa với Sở Công Thương tỉnh Ninh Thuận.